自病毒诞生以来，已有25 000万种病毒、蠕虫和木马出现，这个数字还在以每天30万的速度增长着。
当1971年互联网刚刚描绘出未来的模糊样子时，第一个自我复制的程序就在阿帕网中诞生了。“Creeper”蠕虫能够将自己复制到其他机器上，它感染了一个又一个的计算机。即使它只可能感染参与这项研究的电脑，但研究者们不得不开发另一款蠕虫“Reaper”来清除“Creeper”。
美国科学家弗雷德∙科恩被认为是计算机病毒之父，他在他的博士论文中给计算机病毒做出了如下定义：“病毒”是能够通过修改和将自己植入其他程序来感染计算机的程序。科恩为Linux开发的病毒现在被认为是第一款现代计算机病毒。此病毒最先感染了像Apple II和Amiga这样的家用电脑，它的传播途径是软盘和用来接收盗版软件的电子邮箱。总体来讲，病毒分为两大种类：引导区病毒和文件病毒。1986年，一个叫做“大脑”的引导区病毒在全球爆发，它的开发者是一个巴基斯坦的青少年，他开发“大脑”只是想监控另一款他开发的软件的盗版情况，但“大脑”却成为了成千上万恶意病毒的原型。
80年代末，计算机病毒的运作方式随着“瀑布”病毒的出现发生了改变，破坏其他文件变成了病毒的目的。后来，利用隐秘的恶意软件盗取钱财的模式逐渐流传开来，大部分的病毒就不再以破坏文件为目的了，而是悄悄地在后台监视用户操作，复制用户的文件。
90年代初，普通计算机的安全状况急剧下降，网络上流传的病毒数量开始剧增。1991年，网络上流传的病毒数量就已经超过了300个。到了2001年，通过电子邮件传播的病毒占所有感染的病毒的90%。同年，求职信病毒（Klez）造成了全球范围的恐慌：它入侵电脑的数量占全球所有感染病毒计算机数量的60%。2004年，MyDoom病毒造成了全球范围的网络阻塞，它是历史上传播最快的电子邮件蠕虫病毒，并造成了高达390亿美元的经济损失。在现在的互联网上，即使通过网站和电子邮件附件传播的病毒还没有退出历史舞台，但它们已经将病毒界老大的位置让给了在移动互联网上传播的恶意软件。大约有300万针对移动设备的恶意软件在互联网上传播，他们中大部分的攻击目标是相对开放的Android系统。
2014 Regin
极度复杂的木马病毒，据传由美国安全局开发，用来监控IT企业。
2010 震网病毒（Stuxnet）
震网病毒攻击了西门子集团和伊朗的工业设施。
2008 飞客蠕虫（Conficker）
飞客蠕虫通过一个Windows漏洞传播，它感染了5 000万台计算机。
2003 SQL Slammer
这款病毒在10分钟内感染了75 000台服务器，并通过分布式拒绝服务攻击（DDoS）使网络节点陷入瘫痪。
2001 求职信病毒（Klez）
求职信病毒通过电子邮件附件进行传播，它取得了巨大的“成功”。
2000 爱虫病毒（ILOVEYOU）
第一款通过电子邮件附件大范围传播的计算机病毒。
MyDoom
史上传播最快的电子邮件蠕虫病毒。它造成了高达390亿美元的经济损失。
1986 大脑病毒（Brain）
1986年，引导区病毒“大脑”在全球传播。它的制作者原本的目的是追踪他们软件的盗版情况。大脑病毒成为了它之后所有病毒的原型。